淡水河紅樹林自然保留區保存有全臺面積最大的水筆仔純林生態系，從竹圍到竿蓁，面積廣達76公頃，全區為淡水河由上游挾帶泥沙堆積之河岸沙洲沼澤區，漲潮時有三分之二區域浸在水中，退潮時形成一條明顯河溝貫穿全區。搭捷運到紅樹林站，可先至二樓的「紅樹林展示館」參觀，了解水筆仔奧妙有趣的「胎生」過程，以及保護區內的鳥類、魚蝦、招潮蟹等的生態。出捷運紅樹林站後，沿外竿蓁林的50號巷子進入，沿著木棧道進入紅樹林自然保護區，沿途可觀賞濕地中崢嶸生長的水筆仔和潮間帶時不時時出現的招潮蟹、彈塗魚等濕地生物，這裡也是國家級的鳥類保護區，據說可觀察到20多種稀有的珍貴品種，每年9月中旬至次年3月中旬，還有鷺鷥類、鷸類等水鳥，可說是豐富的自然生態教室，最適合周末假日帶小朋友來一趟生態之旅。
紅樹科植物因其樹皮和木材呈紅色而得名，主要生長在熱帶和亞熱帶的河口和海濱，本區的紅樹林全屬水筆仔，為一種胎生的常綠喬木，所謂水筆仔，便是因其胎生苗形似筆桿而得名，紅樹林自然保留區的水筆仔生長在堤外的寬闊沼澤地， 伴生植物有蘆葦，優勢地分布於堤外沼澤區、堤內草澤區，草澤區生長著多樣禾草類，綠油油的草生地有蘆葦、雙穗雀椑、鋪地黍，茳茳鹹草、香蒲也不少。由於環境適合生物生長，其中魚類及無脊椎動物豐富，因此吸引大批的留鳥及候鳥，以磯鷸、翠鳥與小白鷺為代表，可多達三十餘種。
9至5月是雁鴨、鷺鷥、鷸行鳥、鷗科等冬候鳥抵達避寒的季節。過境鳥以鷸行鳥的種類、數量最多，過境高峰在秋末（9至10月）與春季（3至5月），這段時間是最精采的賞水鳥季節。
